Имхо, потому что синоним не позволяет полморфные типа, в данном случае не опишешь синоним для r -> m a.
А newtype позволяет определить тип со своим порядком следования полиморфных типов. И тогда мы можем сказать типа Monad (ReaderT r m) или MonadTrans (ReaderT r). Может быть за этим?

В смысле, описать то type MyReaderT r m a = r -> m a сможешь, а вот instance MonadTrans (MyReaderT r) хрен сделаешь, если я не ошибаюсь.